应当赔偿。受害人已经发生的医疗费用属于受害人的实际损失，则侵权责任人应当赔偿医保统筹基金已支付部分的费用。
受害人发生的医疗费用，无论是否由医保基金支付，均属于其因侵权责任事故产生的实际损失，受害人按照国家规定参加医保并享有相应的待遇和保障并非减轻或免除侵权人赔偿责任的法定事由，不应从应赔偿的医疗费中扣减医保统筹基金已支付部分的费用。
法律依据：《中华人民共和国侵权责任法》第二十条 侵害人身权益的财产损失赔偿额的确定方法
侵害他人人身权益造成财产损失的，按照被侵权人因此受到的损失赔偿;被侵权人的损失难以确定，侵权人因此获得利益的，按照其获得的利益赔偿;侵权人因此获得的利益难以确定，被侵权人和侵权人就赔偿数额协商不一致，向人民法院提起诉讼的，由人民法院根据实际情况确定赔偿数额。